Assieme a Luca Ronconi e Valentina Fortunato (sposata negli anni sessanta), prima, e a Giancarlo Sbragia, Ivo Garrani, Luigi Vannucchi e Mattia Sbragia ha dato vita negli anni settanta alla prima cooperativa teatrale italiana: Gli Associati.
Sebbene cresciuto in una famiglia di artisti, Fantoni non ha avuto un contatto immediato con il mondo della recitazione, ma è stato avviato dalla sua famiglia verso una formazione indirizzata agli studi di ingegneria e di architettura.
Soltanto in un secondo tempo, ben dopo l’adolescenza, si è avvicinato, quasi di nascosto dai familiari, al teatro sperimentale, iniziando a recitare durante l’estate nei teatri classici all’aperto opere di Eschilo, Sofocle, Euripide. Era quanto bastava per farlo notare da registi di fama disposti a farlo debuttare in palcoscenico in opere di assoluto valore (ad esempio, Luchino Visconti, per Uno sguardo dal ponte di Arthur Miller; Giorgio Strehler, per La trilogia della villeggiatura di Carlo Goldoni).
Il repertorio teatrale di Fantoni è quanto mai vasto e comprende titoli dei principali drammaturghi del XIX e XX secolo, ma non solo. Per la regia di Giorgio Strehler ha recitato in Minna von Barnhelm di Gotthold Ephraim Lessing e con Giuseppe Patroni Griffi in Tradimenti di Harold Pinter. Di William Shakespeare ha interpretato: Misura per misura, Otello e La tempesta. È stato poi protagonista dei seguenti lavori di Manlio Santarelli: Regina madre, Uscita d’emergenza, Vita natural durante e Le sofferenze d’amore (con musiche di Marguerite Duras).
Fra gli altri classici da lui interpretati si segnalano: Zio Vania e Tre sorelle di Anton Čechov (per la regia di Giorgio De Lullo); L’uomo difficile di Hugo von Hofmannsthal, I giganti della montagna di Luigi Pirandello, Il lungo pranzo di Natale di Thornton Wilder e La scuola delle mogli di Molière.
Numerose sono state le regìe per il teatro portate a compimento da Sergio Fantoni, che ha anche curato insieme a Cristina Pezzoli un corso di riqualificazione e perfezionamento sul linguaggio contemporaneo nel teatro destinato ad artisti e tecnici del teatro, progetto pilota per la formazione di un parco tecnologico delle arti dello spettacolo.
Si è occupato, fra l’altro, delle regie – oltre che di EDIPO.COM (di cui è stato coautore con Gioele Dix) – di Piccoli crimini coniugali e de Il libertino di Eric-Emmanuel Schmitt, de Le furberie di Scapino di Molière, di Bellissima Maria di Roberto Cavosi, di Giù dal monte Morgan di Arthur Miller, di Regina Madre e di Vita natural durante di Manlio Santanelli, e di Musica di Marguerite Duras.
De Le sofferenze d’amore, sempre di Manlio Santanelli (tratto dal romanzo Dio ne scampi dagli Orsenigo di Vittorio Imbriani e musicato dal critico musicale e compositore Paolo Terni), ha curato la concertazione. Ha quindi tradotto ed adattato Festa d’estate di Terrence McNally, mentre di Dal matrimonio al divorzio di Georges Feydeau, oltre che la regia, ha curato – insieme a Vincenzo Salemme – l’elaborazione drammaturgica.
Con Mauro Panici ha infine curato il coordinamento artistico di Grand Hotel Italia.
